El primero de la idea de convertir el Cerro San Cristóbal en un gran pulmón para Santiago fue Benjamín Vicuña Mackenna, ya que el había convertido el peladero del cerro Santa Lucia en un paseo muy hermoso en el año 1872.
Solamente en el año 1916 se pudo concreta la idea de hacer un paseo en el cerro, debido que en sus orígenes, era un terreno muy árido, y aquí funcionaban las canteras de las que sacaron las piedras para la construcción del Puente Cal y Canto y el Palacio de la Moneda.
En el año 1916 Alberto Mackenna y el senador Pedro Bannen hicieron una campaña destinada a adquirir los terrenos. Así el 28 de septiembre de 1917 se promulgo la ley N|°3295 por la cual se expropio el terreno a privados y se destinó a la formación de un gran parque publico. El día 17 de junio de 1918, una comitiva tomo posesión del cerro y comenzaron los trabajos en los caminos y subidas hacia la cumbre.
En el año 1921 se inicia la forestación y la construcción de canales de regadío.
La primera piedra del funicular se coloco el día 24 de noviembre de 1923 y su primer riel fue instalado el 14 de noviembre de 1924, extendiéndose su construcción hasta 1925, siendo inaugurado por el Presidente Arturo Alessandri Palma el 25 de abril de ese mismo año.
El proyecto y la dirección técnica de las obras estuvieron a cargo del ingeniero Ernesto Bozo, secundado por el también ingeniero Juan Nelly.
Uno de los hito fundamentales del Funicular es su Estación de Acceso, ubicada a un costado de la Plaza Caupolicán. Esta estación con forma de torreón medieval fue construida con piedra canteada el mismo cerro.
La estación de acceso a la base del cerro es obra del arquitecto Luciano Lulczewski García, así como el Casino Cumbre de 1923 y la Casa de las Arañas de 1924, mientras que las pruebas de resistencia de los cables de acero y fierros fueron realizadas por el Ingeniero Jorge Alessandri Rodríguez, quien posteriormente se convertiría en Presidente de la República entre los años 1958 y 1964.
La estación inicial se complemento con la Estación Cumbre, obra del arquitecto Carlos de Landa, que contempla una sala de maquinas recepción de publico y un salón conocido como salón Tudor.
Los carros y materiales del funicular fueron traídos e la casa Ceretti y Tanfani de Milán, con una capacidad para 50 personas diferenciadas en primera y segunda clase. La primera clase iba en los carros del centro, los cuales eran privados con cortinas y asientos, mientras que los de segunda clase eran al aire libre y las personas debían viajar de pie.
Su techo original de madera que tenían los carros fueron reemplazados en el año 1968 por uno de metal y tela.
El Papa Juan Pablo II viajo en el funicular durante su visita a Chile en el año 1987, hasta la cima donde se encuentra el Santuario de la Virgen.
El día 16 de noviembre del 2000 fue declarado Monumento Histórico de Chile.
Este funicular suspendió sus servicios en el año 2020 producto de la pandemia de Covid-19, aprovechando su cierre temporal, desde noviembre del mismo año se realizaron obras de remodelación y restauración, que incluía el cambio de la estructura de los carros para cumplir con las normas de seguridad y accesibilidad, en reemplazo de los techos de las estaciones y mejoras en los rieles. La reapertura del funicular se realizo el 22 de julio de 2022.
Este funicular recorre 485 metros, uniendo tres estaciones : Pío Nono ( en la falda el cerro ), Zoológico y Cumbre, donde se encuentra ubicado el Santuario a la Virgen y existe una conexión con el Teleférico de Santiago.
Este funicular forma parte de una de las atracciones del Parque Metropolitano de Santiago, con una extensión de 722 hectáreas.