El primer curso de aviadores navales se efectuó el día 27 de abril de 1916, en la Escuela de Aeronáutica Militar del el Bosque ( actual Escuela de Aviación Capitán Avalos ).
Posteriormente se oficializaría por Decreto Supremo N° 196 del 16 de marzo de 1923, con la firma del Presidente de la República Don Arturo Alessandri Palma.
La misión de las aeronaves de la Aviación Naval es prestar apoyo a las fuerzas navales de superficie, submarinas de Infantería de Marina y Fuerzas Especiales. Ademas de la exploración aeromarítima y vigilancia del Mar Territorial y de la Zona Económica Exclusiva, efectuando el control de pesca ilegal y la contaminación de nuestro mar territorial.
También el apoyo en caso de catástrofes y mayormente en verano salvaguardando la vida humana en playas del litoral.
Actualmente la aviación naval se encuentra desplegada desde la ciudad de Arica por el norte hasta Puerto Williams por el sur.
Su principal base se encuentra en Con Con donde se ubica la Comandancia en Jefe de la Aviación Naval.
Un rol importante son los helicópteros BO-105 que participan en el continente antártico, aprovisionamiento de las bases antárticas chilenas y de las labores de mantenimiento de la señalización marítima.